近年来，在市政府的直接领导下，我院不断加大科教兴医的力度，着力于提高全院的医疗卫生水平，特别是2000年以来，按照“省内领先、国内先进、国际接轨”的建设目标，我院开展了系统的医学中心、重点学科、规划重点学科和基础专科的建设工作，取得了可喜的成绩，以心脏中心为代表的医学中心在省内外都具有了较大的影响力，提升了我院的整体医疗卫生技术水平，在服务厦门市人民的同时，也为外地来厦求医患者提供日渐增多的医疗服务。经过全体教职工的共同努力，在医疗、教学、科研、等各方面都取得了可喜的成绩：

(一）成立了2个医学中心：心脏中心、临检中心和2个医学研究所:消化疾病研究所、老年康复研究所，医疗技术水平得到了较大的提高，其中表现较为突出的是心脏中心, 该中心成立5周年发展迅速，在各方面均取得很大成绩；

(二) 建立了3个重点专科:骨科、神经内科、神经外科；原有的心内科、心血管外科、消化内科、肝胆外科4个专科升格为医学中心；

(三）厦门大学附属医院的挂牌成立，使医院临床教学步入规范化轨道；

(四）引进了大批高级专业技术人才，壮大医疗技术队伍，形成较合理的人才梯队, 拥有一支由教授、副教授、研究生导师为主力所组成的近200名的教师队伍；

(五)成立了医学研究博士后工作站, 拥有高水平的、职能齐全、运行良好的开放实验室;

(六）临床科研不断取得新成果，突破省科技进步奖的零记录，获得多项市科技进步奖；每年发表医学科技论文200多篇, 其中有多篇被SCI、MEDLINE源期刊收录。

(七)科研水平有了长足发展, 每年省、市科研基金课题40余项,现承担7项项国家自然科学基金，省部级课题10 多项。